Môi trường sinh thái của rừng ngập mặn là chuyển tiếp giữa biển và đất liền do vậy sự tồn tại phân bổ, phát triển và tổ thành loài của rừng ngập mặn chịu ảnh hưởng của nhiều nhân tố sinh thái mà cho đến nay vẫn chưa có những đánh giá hay khẳng định về mức độ quan trọng của các nhân tố sinh thái đó.

Khí hậu

Khí hậu với các yếu tố như nhiệt độ, gió và lượng mưa tác động ảnh hưởng đến ranh giới phân bổ và kích thước phát triển của các loài thực vật trong rừng ngập mặn. Nhiệt độ cũng ảnh hưởng rõ ràng đến phân bổ của giới động vật cư trú tại rừng ngập mặn.

Thủy văn

Các yếu tố của thủy văn như thủy triều, hải lưu, dòng nước ngọt là những yếu tố tương đối quan trọng và ảnh hưởng lớn đến phân bổ của rừng ngập mặn. Chúng không những ảnh hưởng trực tiếp lên thực vật tại rừng ngập mặn qua mức độ ngập, thời gian ngập, độ mặn, kết cấu thể nền, sự bốc hơi mà còn tác động tới sinh trưởng của cây rừng ngập mặn và các loài động vật của rừng ngập mặn.

Độ mặn

Độ mặn là một trong những yếu tố sinh thái quan trọng nhất ảnh hưởng trực tiếp đến sinh trưởng và tồn tại của rừng ngập mặn. Đối với nồng độ mặn khác nhau của nước biển sẽ kéo theo sự phân bố khác nhau của các loài thực vật tổ thành nên rừng ngập mặn. Độ mặn còn ảnh hưởng tới kích thước sinh trưởng nhiều loài thực vật và động vật rừng ngập mặn. Rừng ngập mặn phát triển tốt nhất nơi nước ngập có độ mặn từ 15-25‰, nhưng nơi có độ mặn dưới 4‰ sẽ không còn rừng ngập mặn tự nhiên, nhưng nới có độ mặn 40-80‰ rừng ngập mặn sẽ có tổ thành loài nghèo nàn.

Thể nền

Rừng ngập mặn phát triển phổ biến nhất ở thể nền bùn sét là các khu vực ngập mặn ven biển ở vịnh kín, cửa sông. Tuy nhiên nhiều thể nền khác cũng có thể phát triển rừng ngập mặn như bùn cát, sét bùn cát, ít khi ghi nhận thấy thể nền của rừng ngập mặn là san hô hay cát thô lẫn sỏi đá.

Địa hình

Rừng ngập mặn chủ yếu xuất hiện ở các vùng có địa hình bờ biển nông cạn, ít sóng. Những khu vực có bờ biển hẹp, sâu, khúc khuỷu thường không xuất hiện sự phát triển của rừng ngập mặn tự nhiên.